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https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10556
Document type: | Tese |
Title: | Análise do efeito do metabolito da análise do efeito do metabolito da microbiota acetato de sódio frente a infecção pelo vírus SARS-COV-2 utilizando metodologia de Lamp |
Author: | Reis, Tatiane Madeira ![]() |
Advisor: | Souza, Ana Paula Duarte de |
Abstract (native): | A rápida disseminação mundial da infecção pelo vírus da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) foi um desafio para a ciência, até que haja uma implementação efetiva do programa de vacinação, uma estratégia robusta de testes, juntamente com medidas de prevenção, continuará sendo a melhor escolha e mais viável para o controle da propagação da doença, portanto verificou-se a necessidade de novos métodos de detecção. A microbiota intestinal tem como o produto ácidos graxos de cadeia curta, um deles é o acetato, ele protege camundongos contra a infecção pela cepa VSR. No entanto, o papel do acetato na infecção por SARS-CoV-2 é desconhecido. Muitos métodos para detecção de ácido ribonucleico SARSCoV-2 foram desenvolvidos. O padrão-ouro para detecção de RNA é a PCR quantitativa de transcrição reversa (RT-qPCR), exigindo equipamento especializado de disponibilidade limitada em muitos contextos. Por outro lado, existem técnicas que são cada vez mais apreciados como adequados para testes no local de atendimento, entre eles, o LAMP (amplificação isotérmica mediada por loop) que devido à sua simplicidade intrínseca e alta sensibilidade possuem uma abordagem atraente. Portanto o estudo tem como objetivo: Testar os efeitos do acetato de sódio no controle da infecção pelo SARS-CoV-2 in vitro e analisar os resultados utilizando duas metodologias moleculares. A metodologia utilizada no estudo inclui: células foram pré tratadas com 200 µM ou 400 µM de acetato por 24 h. As células foram infectadas com 0,1 multiplicidade de infecção (MOI) de SARS-CoV-2 por mais 24 h ou 4 dias. As células foram colhidas para extração de RNA e síntese de cDNA e análise da expressão genica viral por PCR em tempo real. Para análise com outra metodologia molecular foi realizada a padronização da metodologia de LAMP. Inicialmente foi feito a escolha da sequência dos iniciadores para dois genes de SARS-CoV-2. Os resultados foram confirmados através de gel de agarose, para a quantificação foi utilizado medidas de fluorescência em um espectrofotômetro. Os resultados mostraram que células pre-tratadas com acetato na concentração de 400 µM apresentam menor positividade para SARS-CoV-2 amplificado por LAMP. Conclusão: Nossos dados demonstram que é possível realizar um protocolo simples de LAMP para amplificação de genes do SARS-CoV-2. |
Abstract (english): | The rapid worldwide spread of severe acute respiratory syndrome virus (SARS-CoV-2) infection has been a challenge to science, until there is an effective implementation of a vaccination program, a robust testing strategy, together with prevention measures, will remain the best and most feasible choice for controlling the spread of the disease, so there was a need for new detection methods. The gut microbiota has short-chain fatty acids as its product, one of them is acetate, it protects mice against infection by the VSR strain. However, the role of acetate in SARS-CoV-2 infection is unknown. Many methods for detection of SARS-CoV-2 ribonucleic acid have been developed. The gold standard for RNA detection is reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR), requiring specialized equipment of limited availability in many settings. On the other hand, there are techniques that are increasingly appreciated as suitable for point-of-care testing, among them LAMP (loop-mediated isothermal amplification) which due to their intrinsic simplicity and high sensitivity have an attractive approach. Therefore the study aims to: Test the effects of sodium acetate in controlling SARSCoV-2 infection in vitro and analyze the results using two molecular methodologies. The methodology used in the study includes: cells were pre-treated with 200 µM or 400 µM acetate for 24 h. The cells were infected with 0.1 multiplicity of infection (MOI) of SARS-CoV-2 for another 24 h or 4 days. Cells were harvested for RNA extraction and cDNA synthesis and viral gene expression analysis by real-time PCR. For analysis with another molecular methodology the LAMP methodology was standardized. Initially, the primer sequence was chosen for two genes of SARS-CoV-2. The results were confirmed using an agarose gel, and for quantification, fluorescence measurements were used in a spectrophotometer. The results showed that cells pretreated with acetate at a concentration of 400 µM show less positivity for LAMP-amplified SARS-CoV-2. Conclusion: Our data demonstrate that it is possible to perform a simple LAMP protocol for amplification of SARS-CoV-2 genes. |
Keywords: | Covid-19 Lamp PCR em Tempo Real SARS-CoV-2 Covid-19 Lamp Real-Time PCR SARS-CoV-2 |
CNPQ Knowledge Areas: | CIENCIAS DA SAUDE::MEDICINA CLINICA MEDICA::PEDIATRIA |
Language: | por |
Country: | Brasil |
Publisher: | Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul |
Institution Acronym: | PUCRS |
Department: | Escola de Medicina |
Program: | Programa de Pós-Graduação em Medicina/Pediatria e Saúde da Criança |
Access type: | Acesso Aberto |
Fulltext access restriction: | Trabalho será publicado como artigo ou livro |
Time to release fulltext: | 60 meses |
Date to release fulltext: | 18/11/2027 |
URI: | https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10556 |
Issue Date: | 31-Aug-2022 |
Appears in Collections: | Programa de Pós-Graduação em Pediatria e Saúde da Criança |
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