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2. Teses e Dissertações dos Programas de Pós-Graduação da PUCRS
3. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular

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Document type:	Dissertação
Title:	Um estudo do efeito da flexibilidade explícita da enzima InhA de M. tuberculosis na docagem molecular dos inibidores etionamida, triclosano e isoniazida-pentacionoferrato II
Author:	Cohen, Elisângela Machado Leal
Advisor:	Souza, Osmar Norberto de
Abstract (native):	A docagem molecular é uma das principais etapas do processo de Rational Drug Design (RDD). Este é um método que prevê a melhor orientação e conformação na qual uma molécula se ligará à outra, de modo a formar um complexo estável. Os algoritmos de docagem atuais consideram o ligante flexível, devido ao seu tamanho geralmente pequeno. Já o receptor, por ser uma molécula composta por um número maior de átomos, é tratado como rígido. Porém, proteínas são moléculas naturalmente flexíveis, e considerar esta flexibilidade durante um processo de docagem ainda não é uma tarefa fácil. A motivação para desenvolver este trabalho surgiu da necessidade de realizar simulações de docagem molecular mais realísticas, que considerem a dinâmica e a plasticidade de uma molécula receptora. Dentre as diversas formas de considerar a flexibilidade do receptor, usamos uma simulação de dinâmica molecular (DM) para gerar as diferentes conformações do receptor. Investigamos o efeito da flexibilidade explícita da enzima InhA de Mycobacterium tuberculosis através da realização de simulações de docagem molecular em cada uma das diferentes conformações da mesma (tipo selvagem e mutantes I16T e I21V) obtidas por DM, com os inibidores etionamida (ETH), triclosan (TCL) e isoniazidapentacianoferrato II (PIF). Com o modelo flexível do receptor, os experimentos produziram um conjunto de snapshots dos inibidores da InhA utilizados neste estudo, mostrando diferentes modos de ligação do ligante, que não poderiam ser avaliados com base em uma única conformação da estrutura cristalina (PDB ID: 1ENY). Nossa análise revelou que para o complexo InhA-ETH, apenas 5 resíduos interagiram com o ligante, na estrutura cristalina, enquanto que 80 resíduos ao longo da trajetória fizeram contatos com a ETH no modelo flexível. Para o complexo InhATCL apenas 2 resíduos da estrutura cristalina interagem com o ligante, e no modelo de receptor flexível, encontramos 46 resíduos interagindo com o TCL. Finalmente, para o complexo InhAPIF, verificamos que 2 resíduos do receptor interagiram com o ligante na estrutura cristalina, enquanto que para o modelo flexível encontramos 35 resíduos interagindo com PIF. Isto sugere que o modelo de receptor flexível pode acomodar um conjunto mais diversificado de conformações do ligante. Considerar a plasticidade do receptor ao realizarmos uma simulação de docagem significa que os resíduos de aminoácidos, alças e voltas do receptor, podem mover-se ligeiramente em diferentes direções permitindo que o ligante possa então explorar espaços no sítio de ligação que antes não seria possível. Acreditamos que este trabalho está ajudando a construir o conhecimento sobre a importância da flexibilidade do receptor no processo de docagem molecular, e possibilita uma investigação mais aprofundada no futuro.
Keywords:	BIOLOGIA MOLECULAR BIOLOGIA CELULAR ENZIMAS RECEPTORES TUBERCULOSE
CNPQ Knowledge Areas:	CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
Language:	por
Country:	BR
Publisher:	Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
Institution Acronym:	PUCRS
Department:	Faculdade de Biociências
Program:	Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular
Citation:	COHEN, Elisângela Machado Leal. Um estudo do efeito da flexibilidade explícita da enzima InhA de M. tuberculosis na docagem molecular dos inibidores etionamida, triclosano e isoniazida-pentacionoferrato II. 2010. 59 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, 2010.
Access type:	Acesso Aberto
URI:	http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5374
Issue Date:	31-Mar-2010
Appears in Collections:	Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular

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