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https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5352
Full metadata record
DC Field | Value | Language |
---|---|---|
dc.creator | Gargano, Furia | - |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/9318124170220187 | por |
dc.contributor.advisor1 | Souza, Osmar Norberto de | - |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781658Z2 | por |
dc.date.accessioned | 2015-04-14T14:50:58Z | - |
dc.date.available | 2009-09-17 | - |
dc.date.issued | 2009-07-21 | - |
dc.identifier.citation | GARGANO, Furia. Efeito da temperatura na enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis em complexo com o NADH : um estudo por simulação pela dinâmica molecular. 2009. 149 f. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, 2009. | por |
dc.identifier.uri | http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5352 | - |
dc.description.resumo | Esta pesquisa refere-se a um estudo computacional via simulação por dinâmica molecular (DM) que investiga os efeitos da temperatura na InhA, enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase do Mycobacterium tuberculosis (MTB). A temperatura pode interferir na estrutura e função protéicas, na habilidade de ligação de uma proteína, na distribuição dos microestados, na conformação molecular média e nas reações enzimáticas. A partir do início do século XX, os experimentos in silico tem sido cada vez mais utilizados para auxiliar na compreensão e comprovação das hipóteses teóricas elaboradas em diversas áreas da ciência. Neste contexto, a simulação por dinâmica molecular (DM) tem sido uma das técnicas da biofísica molecular computacional utilizadas no estudo da variação das propriedades estruturais do estado nativo das proteínas e no planejamento e design de fármacos. Esta pesquisa investigou o efeito da temperatura sobre a enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (InhA) através de um estudo por simulação pela DM (SDM). A enzima InhA é um importante alvo para a isoniazida (INH), um dos fármacos utilizados no tratamento da tuberculose (TBC). O complexo enzimático InhA-NADH foi submetido a uma SMD a 25 ºC (298 K) e outra a 37 ºC (310 K) durante um período de 20 ns. A temperatura de 37 ºC foi escolhida por corresponder à temperatura corporal humana. Por outro lado, 25 ºC representa a temperatura ambiente utilizada nos experimentos realizados em condições normais de temperatura e pressão (NTP). Alguns parâmetros iniciais (desvio médio quadrático, raio de giro, superfície acessível ao solvente) foram obtidos a partir da análise dos dados das duas trajetórias. Existem diferenças conformacionais estatisticamente significativas entre as estruturas 3D resultantes das SDM a 25 ºC e 37 ºC. Também pesquisou-se o efeito da temperatura sobre a flexibilidade molecular. Enquanto observamos um importante aumento da flexibilidade na região de ligação do vi substrato (alça A, alça B e alça de ligação do substrato) aos 37 ºC, as hélices α6, α7 e α2 apresentaram Fatores-B menores na temperatura corporal humana. Na região do sítio de ligação da coenzima, apenas três resíduos (Ser20, Ile21 e Phe41) apresentaram uma menor flexibilidade com o aumento da temperatura. Pequenos aumentos de temperatura afetam significativamente a conformação de uma proteína em regiões importantes para o desempenho de suas funções. A elevação da temperatura aumenta a flexibilidade da estrutura protéica, porém de forma heterogênea, preservando regiões que necessitam de maior estabilidade no aspecto funcional. As nítidas modificações da enzima InhA e sua coenzima NADH durante um processo de alteração de temperatura de 25 ºC para 37 ºC devem ser consideradas no decorrer do planejamento e design de qualquer fármaco. O conhecimento detalhado das estruturas alvo, portanto, deve levar em conta as condições ambientais (pressão, temperatura, pH) às quais serão submetidas em in vivo. Sugerem-se, para o futuro, pesquisas com temperaturas maiores e trabalhos com docking. | por |
dc.description.provenance | Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 416580.pdf: 11493064 bytes, checksum: d98f0a91360e40632c453a5a2de9275f (MD5) Previous issue date: 2009-07-21 | eng |
dc.format | application/pdf | por |
dc.thumbnail.url | http://tede2.pucrs.br:80/tede2/retrieve/16195/416580.pdf.jpg | * |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul | por |
dc.publisher.department | Faculdade de Biociências | por |
dc.publisher.country | BR | por |
dc.publisher.initials | PUCRS | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular | por |
dc.rights | Acesso Aberto | por |
dc.subject | BIOLOGIA MOLECULAR | por |
dc.subject | DINÂMICA MOLECULAR | por |
dc.subject | PROTEÍNAS | por |
dc.subject | ESTRUTURA MOLECULAR | por |
dc.subject | TUBERCULOSE | por |
dc.subject | TEMPERATURA | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL | por |
dc.title | Efeito da temperatura na enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis em complexo com o NADH : um estudo por simulação pela dinâmica molecular | por |
dc.type | Tese | por |
Appears in Collections: | Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular |
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