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Document type: Dissertação
Title: Análise por simulações pela dinâmica molecular do complexo proteína-DNA do domínio ETS da proteína PDEF : fatores intrínsecos ao DNA
Author: Andrade, Ardala Elisa Breda 
Advisor: Souza, Osmar Norberto de
Abstract (native): A formaçao dos complexos protefna DNA depende da complementaridade de cargas entre as cadelas laterals dos aminoácidos que compöern a protelna e os nudeotIdeos que compOern a cadeia de DNA (reconhecimento direto) e do reconhecirnento da estrutura, da conformaçao tridimensional, adotada ou capaz de ser adotada pela cadeia de DNA (reconhecimento indireto). A proteína PDEF está relacionada com o controle da transcrição de genes responsáveis pelo desenvolvimento de tumores em tecidos sujeitos à regulação por hormônios sexuais; principalmente câncer de mama e de próstata. Assim como as demais proteínas da família ETS de fatores de transcrição, a PDEF reconhece e se liga à cadeia de DNA através do domínio ETS, que caracteriza esta família. As proteínas ETS apresentam maior dependência dos fatores de reconhecimento indiretos na formação dos complexos proteína - DNA. Ou seja, a conformação adotada pela cadeia de DNA tem maior influência sobre a afinidade de ligação da proteína do que a própria seqüência de nucleotídeos. Ao contrário das demais proteínas ETS, que reconhecem com alta afinidade a seqüência 5 -GGAA-3, e apresentam baixa ou nenhuma afinidade pela seqüência 5 -GGAT-3, a proteína PDEF apresenta alta afinidade de ligação pela seqüência 5 -GGAT-3 e não forma complexos com cadeias de DNA que contenham o sítio de ligação 5 -GGAA-3. A PDEF apresenta ainda substituições únicas de aminoácidos na hélice de reconhecimento da cadeia de DNA.Para avaliar os efeitos destas substituições de aminoácidos e das substituições de pares de base no sítio de ligação da proteína na conformação tridimensional da cadeia de DNA, e consequentemente, na afinidade de ligação entre proteína e DNA, foram realizadas análises das seqüências de aminoácidos das proteínas ETS e das interações observadas experimentalmente na interface proteína-DNA e simulações pela dinâmica molecular dos tridecâmeros de DNA que contêm as seqüências de alta e de baixa afinidade pela proteína PDEF (GGAT e GGAG, respectivamente) e do sistema controle sem afinidade de ligação, GGAA. Os resultados das análises e das simulações pela dinâmica molecular indicam que as alterações na seqüência de aminoácidos da proteína, e a substituição dos grupamentos expostos no sulco maior da cadeia de DNA (padrão de reconhecimento direto, ou intermolecular), aliados a alterações na conformação da cadeia de DNA induzidas pelas substituições das bases na posição +4 do sitio de ligação (padrão de reconhecimento indireto ou intramolecular) parecem ser responsáveis pelo padrão de afinidade distinto da PDEF. No entanto, a não conservação dos resíduos que interagem com a cadeia de DNA, e a grande número de contatos não específicos com a cadeia fosfato-açúcar corroboram o padrão de leitura intramolecular como o principal mecanismo de reconhecimento da cadeia de DNA pelas proteínas ETS.
Keywords: BIOLOGIA MOLECULAR
BIOLOGIA CELULAR
DNA
RNA
NEOPLASIAS PROSTÁTICAS
CNPQ Knowledge Areas: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
Language: por
Country: BR
Publisher: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
Institution Acronym: PUCRS
Department: Faculdade de Biociências
Program: Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular
Access type: Acesso Aberto
URI: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5524
Issue Date: 4-Apr-2007
Appears in Collections:Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular

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