1. TEDE PUCRS
  2. Teses e Dissertações dos Programas de Pós-Graduação da PUCRS
  3. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular
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dc.creatorAndrade, Ardala Elisa Breda-
dc.creator.Latteshttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4733967T2por
dc.contributor.advisor1Souza, Osmar Norberto de-
dc.contributor.advisor1Latteshttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781658Z2por
dc.date.accessioned2015-04-14T14:51:39Z-
dc.date.available2011-05-12-
dc.date.issued2007-04-04-
dc.identifier.urihttp://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5524-
dc.description.resumoA formaçao dos complexos protefna DNA depende da complementaridade de cargas entre as cadelas laterals dos aminoácidos que compöern a protelna e os nudeotIdeos que compOern a cadeia de DNA (reconhecimento direto) e do reconhecirnento da estrutura, da conformaçao tridimensional, adotada ou capaz de ser adotada pela cadeia de DNA (reconhecimento indireto). A proteína PDEF está relacionada com o controle da transcrição de genes responsáveis pelo desenvolvimento de tumores em tecidos sujeitos à regulação por hormônios sexuais; principalmente câncer de mama e de próstata. Assim como as demais proteínas da família ETS de fatores de transcrição, a PDEF reconhece e se liga à cadeia de DNA através do domínio ETS, que caracteriza esta família. As proteínas ETS apresentam maior dependência dos fatores de reconhecimento indiretos na formação dos complexos proteína - DNA. Ou seja, a conformação adotada pela cadeia de DNA tem maior influência sobre a afinidade de ligação da proteína do que a própria seqüência de nucleotídeos. Ao contrário das demais proteínas ETS, que reconhecem com alta afinidade a seqüência 5 -GGAA-3, e apresentam baixa ou nenhuma afinidade pela seqüência 5 -GGAT-3, a proteína PDEF apresenta alta afinidade de ligação pela seqüência 5 -GGAT-3 e não forma complexos com cadeias de DNA que contenham o sítio de ligação 5 -GGAA-3. A PDEF apresenta ainda substituições únicas de aminoácidos na hélice de reconhecimento da cadeia de DNA.Para avaliar os efeitos destas substituições de aminoácidos e das substituições de pares de base no sítio de ligação da proteína na conformação tridimensional da cadeia de DNA, e consequentemente, na afinidade de ligação entre proteína e DNA, foram realizadas análises das seqüências de aminoácidos das proteínas ETS e das interações observadas experimentalmente na interface proteína-DNA e simulações pela dinâmica molecular dos tridecâmeros de DNA que contêm as seqüências de alta e de baixa afinidade pela proteína PDEF (GGAT e GGAG, respectivamente) e do sistema controle sem afinidade de ligação, GGAA. Os resultados das análises e das simulações pela dinâmica molecular indicam que as alterações na seqüência de aminoácidos da proteína, e a substituição dos grupamentos expostos no sulco maior da cadeia de DNA (padrão de reconhecimento direto, ou intermolecular), aliados a alterações na conformação da cadeia de DNA induzidas pelas substituições das bases na posição +4 do sitio de ligação (padrão de reconhecimento indireto ou intramolecular) parecem ser responsáveis pelo padrão de afinidade distinto da PDEF. No entanto, a não conservação dos resíduos que interagem com a cadeia de DNA, e a grande número de contatos não específicos com a cadeia fosfato-açúcar corroboram o padrão de leitura intramolecular como o principal mecanismo de reconhecimento da cadeia de DNA pelas proteínas ETS.por
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2015-04-14T14:51:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 389451.pdf: 5571098 bytes, checksum: 770defaacf3399bd51f2eda83ca17963 (MD5) Previous issue date: 2007-04-04eng
dc.formatapplication/pdfpor
dc.thumbnail.urlhttp://tede2.pucrs.br:80/tede2/retrieve/16575/389451.pdf.jpg*
dc.languageporpor
dc.publisherPontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sulpor
dc.publisher.departmentFaculdade de Biociênciaspor
dc.publisher.countryBRpor
dc.publisher.initialsPUCRSpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecularpor
dc.rightsAcesso Abertopor
dc.subjectBIOLOGIA MOLECULARpor
dc.subjectBIOLOGIA CELULARpor
dc.subjectDNApor
dc.subjectRNApor
dc.subjectNEOPLASIAS PROSTÁTICASpor
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERALpor
dc.titleAnálise por simulações pela dinâmica molecular do complexo proteína-DNA do domínio ETS da proteína PDEF : fatores intrínsecos ao DNApor
dc.typeDissertaçãopor
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