@PHDTHESIS{ 2017:272054894,
 	title = {CuT-REMD : uma nova abordagem para predição de estruturas terciárias de proteínas baseada em raio de corte incremental},
 	year = {2017},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7635",
 	abstract = "Dentre os principais métodos computacionais aplicados atualmente ao estudo de
 proteínas, a dinâmica molecular clássica realiza importante papel, especialmente sua variação
 intitulada Replica Exchange Molecular Dynamics ou REMD, a qual provê amostragem
 conformacional eficiente. Elementos de Estruturas Secundárias (EES) regulares de proteínas
 são formados e mantidos através de estabilização por ligações de hidrogênio dentro de
 hélices e entre fitas de uma folha  . O empacotamento desses elementos estruturais, permitido
 por voltas e laços flexíveis conectando-os, leva à formação de uma estrutura que, nos
 casos bem sucedidos, representa o estado nativo, funcional de uma proteína. Interações
 iônicas, dipolo-dipolo, de van der Waals e hidrofóbicas, além de ligações de hidrogênio, são
 fundamentais para esses eventos. A maioria dessas forças é mais forte até uma distância
 de 4,0 Å. Assim, essas (de 0,0 Å a 4,0 Å) são as distâncias envolvidas na formação de
 estruturas locais, que podem ainda se propagar e formar elementos inteiros de estrutura
 secundária. A prática comum ao se executar simulações por DM é, no entanto, manter um
 raio de corte fixo em valores maiores ou iguais a 8,0 Å. Esta tese apresenta o método CuTREMD,
 uma nova abordagem de REMD com base em raio de corte incremental (variando
 de 4,0 Å a 8,0 Å) testando a hipótese de que tal abordagem pode otimizar a predição de
 estruturas terciárias de proteínas. Primeiramente, foi utilizada a proteína villin headpiece humana
 (código PDB 1UNC), como estudo de caso, e nove diferentes protocolos de simulação
 foram testados, todos em triplicata. Posteriormente, com base nos resultados obtidos, um
 protocolo-padrão foi escolhido como protocolo CuT-REMD, e um conjunto de nove proteínas
 adicionais foi testado, sendo os resultados comparados com o método REMD convencional.
 A utilização de raio de corte incremental provou-se uma abordagem eficaz para melhorar
 a qualidade e velocidade das predições de estruturas de proteínas via REMD. Aplicando o
 método ao conjunto teste de proteínas, embora de tamanho limitado, CuT-REMD mostrou
 bom desempenho em relação aos métodos ab initio, colocando-se na grande maioria das
 vezes ou como o melhor método de predição ou com resultados próximos aos melhores
 métodos. Isso possibilitou compará-lo também com métodos de novo e, embora com mais
 dificuldade, CuT-REMD manteve bom desempenho, inclusive superando certos servidores
 em todas as ocasiões. Os resultados obtidos, em suma, mostram-se encorajadores, com o
 surgimento de novos questionamentos a serem abordados futuramente.",
 	publisher = {Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação},
 	note = {Faculdade de Informática}
}