@MASTERSTHESIS{ 2014:1182807631,
 	title = {Caracterização do genoma mitocondrial de onça-pintada (Panthera onca) e elucidação da filogenia mitogenômica do gênero Panthera},
 	year = {2014},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/278",
 	abstract = "Genomas mitocondriais (mitogenomas) geralmente são obtidos através do sequenciamento de DNA realizado com uma série de primers conservados desenhados de maneira a se sobreporem, completando assim todo o DNA mitocondrial. Esta estratégia é bastante eficaz para alguns organismos. Entretanto, a translocação de segmentos do DNA mitocondrial citoplasmático (cymtDNA) para o genoma nuclear (numt) é um fenômeno conhecido para muitos táxons, incluindo os felinos pertencentes ao gênero Panthera. Algumas estratégias foram desenvolvidas para evitar a amplificação indesejada do numt, como por exemplo o isolamento de DNA mitocondrial seguido de PCR ou de PCR longo. Recentemente, as técnicas de sequenciamento de alto desempenho vêm sendo amplamente utilizadas. Dentre estas, o sequenciamento de RNA (RNA-seq) parece ser extremamente útil para gerar mitogenomas e evitar numts, uma vez que captura com alta cobertura apenas DNA mitocondrial transcrito, evitando as cópias nucleares pseudogenizadas. Quando este estudo foi iniciado, genomas mitocondriais de todas as espécies do gênero Panthera exceto P. onca estavam disponíveis em bases de dados como o GenBank. Tendo em vista a importância deste marcador molecular para estudos populacionais de onça-pintada (Panthera onca) e para estudos filogenéticos entre as espécies do gênero Panthera, os objetivos deste trabalho foram (i) caracterizar o mitogenoma de Panthera onca de forma a eliminar a possibilidade de amplificação errônea de numt e (ii) realizar a primeira análise mitogenômica do gênero Panthera. O genoma mitocondrial da onça-pintada foi caracterizado utilizando dados de RNA-seq. Os transcritos cobriram cerca de 95% do mitogenoma, sendo os demais segmentos cobertos por sequenciamento de DNA baseado em PCR, através da utilização de primers específicos desenhados para esta finalidade. Todos os quatro tipos principais de análises filogenéticas do mitogenoma (Maximum Likelihood, Máxima Parcimônia, Neighbor- Joining e Inferência Bayesiana) suportaram uma topologia congruente (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). Esta topologia é inédita para o gênero, porém os resultados indicam ser esta a verdadeira história evolutiva do DNA mitocondrial dentro deste grupo. Neste trabalho, demonstrou-se que através de RNA-seq é possível obter-se praticamente todo o genoma mitocondrial de um indivíduo. Além disso, esta abordagem parece ser bastante promissora especialmente em casos onde grandes e recentes numts ocorrem, como é o caso das espécies pertencentes ao gênero Panthera.",
 	publisher = {Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de Pós-Graduação em Zoologia},
 	note = {Faculdade de Biociências}
}