@PHDTHESIS{ 2009:293180827,
 	title = {Filogenia de duas subfam?lias de cascudos (siluriformes, loricariidae), usando dados nucleares, mitocondriais e morfol?gicos},
 	year = {2009},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/174",
 	abstract = "Loricariidae ? uma das mais diversas fam?lias de peixes, atualmente incluindo cerca de 800 esp?cies reconhecidas. Os loricar?deos s?o popularmente conhecidos como cascudos ou acaris e t?m tamanho de poucos cent?metros a mais que um metro. S?o encontrados somente em ?gua doce, com ampla varia??o tanto na temperatura, como tipo de ambiente, ou seja, podem ser encontrados desde em c?rregos frios das montanhas at? em lagos da ?rea de inunda??o do rio Amazonas. A distribui??o do grupo ? ampla, abrangendo praticamente todas as bacias hidrogr?ficas da Am?rica do Sul e parte da Am?rica Central, da Argentina at? a Costa Rica. Apesar das primeiras esp?cies terem sido descritas por Linnaeus em 1758 e do trabalho realizado deste ent?o, especialmente nos ?ltimos 15 anos, as rela??es filogen?ticas dos loricar?deos est?o apenas parcialmente resolvidas. Os resultados das an?lises moleculares s?o conflitantes com os agrupamentos propostos pelas an?lises morfol?gicas e um consenso ainda n?o foi alcan?ado. Os grupos mais problem?ticos s?o as subfam?lias Hypostominae, Hypoptopomatinae e Neoplecostominae. Os estudos morfol?gicos e moleculares sugerem que Hypoptopomatinae e Neoplecostominae formam um grupo monofil?tico, por?m a monofilia das mesmas ainda ? incerta. Por esta raz?o, o principal objetivo da presente tese ? testar a monofilia destas duas subfam?lias atr?ves de uma an?lise de evid?ncia total. Num primeiro estudo, sequ?ncias de um fragmento de 709 pares de bases da primeira subunidade do gene mitocondrial citocromo c oxidase (COI) foram usadas. As an?lises de M?xima Parcim?nia (MP) e de M?xima Verossimilhan?a (ML) inclu?ram dados de 83 esp?cies, pertencentes a 29 g?neros, representando cinco subfam?lias de Loricariidae. Adicionalmente, oito esp?cies de quatro fam?lias pr?ximas foram usadas como grupo externo. Os resultados confirmaram Delturinae como a subfam?lia mais basal e mostraram a Hypoptopomatinae + Neoplecostominae como grupo irm?o de Hypostominae. Corroborando estudos moleculares anteriores, Neoplecostominae ? monofil?tica somente quando inclu?do o g?nero Pseudotocinclus (Hypoptopomatinae). Neoplecostominae ficou inserida dentro de Hypoptopomatinae, que assim formou um grupo parafil?tico. Num segundo estudo, foram adicionados mais t?xons e sequ?ncias parciais dos genes nucleares recombination activating gene 1 (RAG1) e 2 (RAG2) e F-Reticulon 4, resultando na an?lise de 136 esp?cies e 4678 pares de bases. As an?lises de MP, ML e Bayesianas confirmaram a maioria dos resultados moleculares anteriores, exceto pela polifilia de Pareiorhaphis, Neoplecostomus e Neoplecostominae. A an?lise final dos dados constituiu uma an?lise de evid?ncia total, com o intuito de compreender melhor os conflitos entre as an?lises morfol?gicas e moleculares e encontrar, assim, uma solu??o mais robusta para o grupo. O novo conjunto de dados inclui 207 esp?cies e sequ?ncias concatenadas de COI, RAG 1 e RAG2, bem como 472 caracteres morfol?gicos de estudos anteriores, resultando na maior filogenia de bagres j? elaborada. A an?lise de MP confirmou a monofilia de Hypoptopomatinae e de Neoplecostominae + Pseudotocinclus. Dentro de Neoplecostominae, somente o g?nero Pareiorhina ficou polifil?tico, provavelmente devido ? falta de dados morfol?gicos. A filogenia do g?nero Pareiorhaphis revelou um padr?o biogeogr?fico de distribui??o previamente desconhecido. Das duas tribos de Hypoptopomatinae, Hypoptopomatini foi recuperada como monofil?tica, mas Otothyrini se manteve parafil?tica. O g?nero Parotocinclus ficou polifil?tico, formando tr?s ciados monofil?ticos e parte das esp?cies espalhada na filogenia. O resultado obtido pela an?lise de evid?ncia total conseguiu resolver v?rios conflitos entre as propostas filogen?ticas anteriores para Loricariidae. Por?m, os grupos n?o resolvidos foram os que apresentaram a menor quantidade de caracteres, mostrando que, para resolver as rela??es filogen?ticas dentro desta fam?lia, ? necess?ria a complementa??o dos caracteres, assim como a adi??o de novos t?xons.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Zoologia},
 	note = {Faculdade de Bioci?ncias}
}