@PHDTHESIS{ 2019:1538099742,
 	title = {Filogenômica de Otariidae e história evolutiva de lobos-marinhos da América do Sul},
 	year = {2019},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8903",
 	abstract = "A sistemática, a filogenia e a história evolutiva de Otariidae (lobos e leões-marinhos) são debatidas desde as descrições das primeiras espécies por exploradores naturalistas europeus. Atualmente, diversas relações, em particular dentro de Arctocephalus, permanecem confusas. Estudos moleculares recentes envolvendo espécies da família basearam-se somente em poucos fragmentos de DNA, em sua maioria, regiões mitocondriais concatenadas, com o objetivo de decifrar a biogeografia dos lobos e leões-marinhos. Assim como para a Otariidae, as relações entre Arctocephalus australis (lobo-marinho-peruano-chileno e lobo-marinho-sul-americano), A. galapagoensis (lobo-marinho-de-Galápagos) e A. forsteri (lobo-marinho-da-Nova Zelândia) também são bastante discutidas. Embora atualmente reconhecidas como espécies plenas, todos os estudos com um enfoque populacional, aplicando mais de um indivíduo por táxon, demonstraram a parafilia deste grupo. Em dois manuscritos aplicamos uma abordagem genômica para esclarecer as relações filogenéticas de Otariidae e o processo evolutivo de A. australis (e suas duas subunidades populacionais), A. galapagoensis e A. forsteri. Para isso, avaliamos 15 genomas completos, sendo 12 sequenciados pelo nosso grupo de pesquisa e três obtidos do GenBank. Além disso, também sequenciamos uma biblioteca de representação reduzida (método ddRAD-seq) composta por indivíduos de A. australis (n=15/13, subpopulações do sul do Chile/Oceano Atlântico e Peru/Norte do Chile, respectivamente), A. galapagoensis (n=10) e A. forsteri (n=9). Em nosso trabalho, encontramos um elevado grau de discordância genealógica ao longo dos genomas, o qual atribuímos, principalmente, à separação incompleta de linhagens gênicas. Identificamos que o elevado número de topologias únicas se deu à um explosivo período de especiação conduzido pelo resfriamento das águas superficiais do Oceano Pacífico, na transição Plio-Pleistoceno há ~3 Ma. Além disso, métodos variados de reconstruções filogenéticas recuperaram, de forma consistente, a monofilia do gênero Arctocephalus, sugerindo a manutenção da atual nomenclatura taxonômica. Análises com genomas completos e bibliotecas de representação reduzida também mostraram a clara delimitação entre A. australis, A. galapagoensis e A. forsteri. Encontramos, também, evidências de que a subpopulação peruana/chilena de A. australis compartilha componentes genômicos entre A. galapagoensis e a subpopulação do sul do Chile/Oceano Atlântico de A. australis. Análises posteriores suportaram que esta mistura reflete uma antiga origem híbrida da subunidade populacional do lobo-marinho-peruano/chileno. Também detectamos a presença de indivíduos puros de A. galapagoensis (primeiramente identificados como A. australis) em Isla Foca, uma colônia reprodutiva isolada e localizada há ~1000 km ao norte da distribuição principal de A. australis (subunidade peruano/chilena) e à leste da distribuição de A. galapagoensis. Dois retrocruzamentos entre o táxon híbrido e A. galapagoensis também foram detectados em Isla Foca e em Punta San Juan, Peru, a maior colônia reprodutiva dos lobos-marinhos-peruanos-chilenos. Esses achados demonstram a necessidade de futuros estudos em Isla Foca para compreender o seu papel nas dinâmicas populacionais, na distribuição e na conservação dos táxons mencionados. Nos artigos apresentados delimitamos espécies, esclarecemos a complexa história evolutiva de lobos e leões-marinhos e resolvemos questionamentos fundamentais sobre as relações internas de Otariidae. Também demonstramos a importância de considerar as discordâncias genealógicas na interpretação da história evolutiva e de considerar o fluxo gênico interespecífico como força evolutiva na geração de biodiversidade.",
 	publisher = {Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de Pós Graduação em Ecologia e Evolução da Biodiversidade},
 	note = {Escola de Ciências}
}