@MASTERSTHESIS{ 2017:930507626,
 	title = {Phylogenetic analyses of DNA sequences reveal a vastly underestimated radiation of Amazonian Salamanders (Plethodontidae: bolitoglossa), with key implications to the study of plethodontid diversification},
 	year = {2017},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8823",
 	abstract = "O reconhecimento da biodiversidade é um dos desafios mais gratificantes na biologia, porque quando mais conhecemos sob as coisas que nos rodeiam mais entendemos os processos e mudam nossa percepção de ver as coisas. As salamandras da família Plethodontidae sofreram processos complexos de especiação onde principalmente tem diversificado em América do Norte e Mesoamerica, resultando no 66 % da diversidade de Caudata. Por outro lado, as salamandras da América do Sul albergam uma pequena diversidade (37 espécies) onde a maioria pertence ao gênero Bolitoglossa, este padrão é o resultado de uma colonização tardia onde as espécies não tiverem o suficiente tempo para especiar. Não obstante, trabalhos recentes sugerem que a diversidade de salamandras na América do Sul está sendo subestimada, refletindo nosso conhecimento e ignorância deste grupo. Neste contexto, nós estudamos as salamandras amazônicas fornecendo uma explicação filogenética da variação molecular de diferentes amostras de Bolitoglossa no contexto da radiação do gênero, e avaliar as implicações destes resultados no entendimento da diversidade de espécies de Bolitoglossa na Amazônia, como também sua diversificação e biogeografia. Foram obtidos dados de oito das nove espécies distribuídas na Amazônia seja perto e/ou da localidade tipo, além disso, foram geradas novas sequencias para 177 terminais da maioria das populações amazônicas desde Venezuela até Bolívia, e as analisamos junto com as sequencias disponíveis em bases de dados públicas. Nosso estudo representa a amostragem mais completa de taxa do gênero (~ 75 % da diversidade atual) para avaliar as relações de Bolitoglossa. Os dados foram analisados usando máxima verossimilhança com um alinhamento por similaridade e incluindo os indels como caráter binário e com parcimônia com homologia dinâmica e indels como quinto estado de caráter. Apesar de ambas as análises mostrarem diferenças nas topologias ótimas, os resultados são
 V
 incompatíveis com a presença de só 9 espécies de Bolitoglossa na bacia amazônica (a diversidade atualmente reconhecida). Usando métodos objetivos de delimitação de espécies, calculamos um aumento da riqueza de espécies de 300–400 %. A reconstrução de áreas ancestrais em ambas as topologias indica que uma única colonização da Amazônia desde os Andes é responsável da grande radiação de salamandras em América do Sul. Nossos resultados mudam o paradigma atual sobre a diversificação das salamandras neotropicais.",
 	publisher = {Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de Pós Graduação em Ecologia e Evolução da Biodiversidade},
 	note = {Escola de Ciências}
}