@MASTERSTHESIS{ 2016:1664744378,
 	title = {An?lise filogen?tica de Gymnophiona M?ller, 1832 (Amphibia)},
 	year = {2016},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7723",
 	abstract = "Gymnophiona M?ller, 1832 ? a ordem menos estudada dentro de Amphibia, com 206 esp?cies conhecidas. As rela??es filogen?ticas do grupo permaneceram inst?veis por muito tempo, sofrendo com mudan?as no n?mero de fam?lias, devido ? constante presen?a de t?xons parafil?ticos. Uma crescente de estudos com produ??o de evid?ncias moleculares e morfol?gicas tem formado um arcabou?o de informa??es sobre as rela??es evolutivas do grupo. Mesmo assim, uma classifica??o filogen?tica de toda a ordem n?o representava uma tarefa f?cil. Em 2011, foi proposta uma classifica??o ao n?vel de fam?lia, onde os g?neros foram distribu?dos em nove fam?lias supostamente monofil?ticas. Essa proposta n?o foi baseada em uma an?lise filogen?tica, mas sim em um consenso do entendimento das rela??es filogen?ticas inferidas em estudos pr?vios, sendo muitos deles discordantes, tanto em tipos de an?lises, quanto em resultados. Apenas um estudo incluiu um t?xon f?ssil, que apesar de ser pouco representativo em quantidade, representa uma fonte v?lida de evid?ncia. Devido ao grande esfor?o para gerar dados e obter informa??es acerca dos Gymnophiona, existem in?meros caracteres heredit?rios dispon?veis. Dessa forma, percebe-se uma import?ncia em unir todos esses dados (genomas mitocondriais completos, sequ?ncias de genes nucleares, caracteres fenot?picos dos t?xons viventes e f?ssil) para compor uma nova proposta filogen?tica com o maior poder explicativo. Assim, o objetivo principal deste estudo foi inferir as rela??es evolutivas da ordem Gymnophiona em um contexto de evid?ncia total, sob an?lises de parcim?nia e homologia din?mica e avaliar a taxonomia atual de Gymnophiona com base na(s) ?rvore(s) mais parcimoniosa(s). Adicionalmente, avaliar o efeito de diferentes tipos de alinhamento, a influ?ncia de caracteres fenot?picos em um dataset dominado por dados gen?ticos e o efeito de codificar os indels como dados faltantes. Para isso foram compilados caracteres morfol?gicos de estudos pr?vios, sequ?ncias dispon?veis no GenBank, referentes a 47 genes (nucleares e mitocondriais) de todas as esp?cies dispon?veis, al?m da produ??o de 42 novas sequ?ncias. Comparando os resultados gerados a partir do alinhamento por ?rvore (POY) e do alinhamento por similaridade (TNT) encontramos Rhinatrematidae como grupo-irm?o de Ichthyophiidae + Teresomata. Dentro de Rhinatrematidae, Epicrionops foi recuperado parafil?tico em todas as an?lises e as rela??es dentro de Ichthyophiidae s?o uma politomia. A an?lise do POY n?o recupera Scolecomorphidae como t?xon-irm?o dos demais Teresomata, e sim Typhlonectidae + Caeciliidae. Caecilia ? parafil?tica a Oscaecilia, assim como Typhlonectes com rela??o a Potamotyphlus. Na an?lise via TNT, Herpelidae foi recuperada parafil?tica, com Herpele squalostoma agrupado com Chikilidae. Na an?lise do TNT, Siphonopidae n?o foi recuperada monofil?tica. A fam?lia Indotyphlidae foi n?o-monofil?tica em ambas as an?lises e Idiocranium foi recuperado como o t?xon-irm?o de Dermophiidae. Dermophis surge parafil?tico na an?lise do POY, enquanto que pelo TNT tanto Dermophis quanto Gymnopis surgen parafil?ticos. A topologia da ?rvore constru?da apenas com sequ?ncias de DNA, mostrou-se altamente semelhante ao consenso gerado pelo TNT, embora com alguns poucos clados melhor resolvidos, principalmente em Indotyphlidae. J? a an?lise unicamente morfol?gica restringiu-se a uma politomia total, o que pode ser justificado pela falta de caracteres morfol?gicos ?teis, e que tamb?m pode ser um reflexo da falta de conhecimento acerca deste tipo de evid?ncia. Quanto ? codifica??o de indels como quinto estado ou como dados faltantes, n?o foi observada vantagem sobre nenhum dos testes em rela??o ? topologia do consenso estrito. As principais conclus?es derivadas dos resultados obtidos s?o: (i) o tipo de alinhamento das sequ?ncias de DNA tem um impacto evidente nas hip?teses filogen?ticas; (ii) a aparente resolu??o da hist?ria evolutiva dos atuais t?xons supraespec?ficos de Gymnophiona e sua monofilia, apresentada em outros estudos, dependem da exclus?o de evid?ncia relevante das an?lises ou da apresenta??o parcial das hip?teses ?timas; (iii) s? a an?lise de evid?ncia total permitiu descobrir casos potenciais de parafilia ou identifica??o errada de terminais; (iv) os dados fenot?picos atualmente usados no estudo das rela??es evolutivas de Gymnophiona t?m altos n?veis de informa??o n?o congruente e n?o s?o suficentes para a inclus?o do t?xon f?ssil Eocaecilia micropodia dentro de Gymnophiona. O presente estudo revela a necessidade de uma revis?o detalhada da taxonomia e filogen?tica de Gymnophiona.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s Gradua??o em Zoologia},
 	note = {Faculdade de Bioci?ncias}
}