@PHDTHESIS{ 2017:913738383,
 	title = {CuT-REMD : uma nova abordagem para predi??o de estruturas terci?rias de prote?nas baseada em raio de corte incremental},
 	year = {2017},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7635",
 	abstract = "Dentre os principais m?todos computacionais aplicados atualmente ao estudo de
 prote?nas, a din?mica molecular cl?ssica realiza importante papel, especialmente sua varia??o
 intitulada Replica Exchange Molecular Dynamics ou REMD, a qual prov? amostragem
 conformacional eficiente. Elementos de Estruturas Secund?rias (EES) regulares de prote?nas
 s?o formados e mantidos atrav?s de estabiliza??o por liga??es de hidrog?nio dentro de
 h?lices e entre fitas de uma folha  . O empacotamento desses elementos estruturais, permitido
 por voltas e la?os flex?veis conectando-os, leva ? forma??o de uma estrutura que, nos
 casos bem sucedidos, representa o estado nativo, funcional de uma prote?na. Intera??es
 i?nicas, dipolo-dipolo, de van der Waals e hidrof?bicas, al?m de liga??es de hidrog?nio, s?o
 fundamentais para esses eventos. A maioria dessas for?as ? mais forte at? uma dist?ncia
 de 4,0 ?. Assim, essas (de 0,0 ? a 4,0 ?) s?o as dist?ncias envolvidas na forma??o de
 estruturas locais, que podem ainda se propagar e formar elementos inteiros de estrutura
 secund?ria. A pr?tica comum ao se executar simula??es por DM ?, no entanto, manter um
 raio de corte fixo em valores maiores ou iguais a 8,0 ?. Esta tese apresenta o m?todo CuTREMD,
 uma nova abordagem de REMD com base em raio de corte incremental (variando
 de 4,0 ? a 8,0 ?) testando a hip?tese de que tal abordagem pode otimizar a predi??o de
 estruturas terci?rias de prote?nas. Primeiramente, foi utilizada a prote?na villin headpiece humana
 (c?digo PDB 1UNC), como estudo de caso, e nove diferentes protocolos de simula??o
 foram testados, todos em triplicata. Posteriormente, com base nos resultados obtidos, um
 protocolo-padr?o foi escolhido como protocolo CuT-REMD, e um conjunto de nove prote?nas
 adicionais foi testado, sendo os resultados comparados com o m?todo REMD convencional.
 A utiliza??o de raio de corte incremental provou-se uma abordagem eficaz para melhorar
 a qualidade e velocidade das predi??es de estruturas de prote?nas via REMD. Aplicando o
 m?todo ao conjunto teste de prote?nas, embora de tamanho limitado, CuT-REMD mostrou
 bom desempenho em rela??o aos m?todos ab initio, colocando-se na grande maioria das
 vezes ou como o melhor m?todo de predi??o ou com resultados pr?ximos aos melhores
 m?todos. Isso possibilitou compar?-lo tamb?m com m?todos de novo e, embora com mais
 dificuldade, CuT-REMD manteve bom desempenho, inclusive superando certos servidores
 em todas as ocasi?es. Os resultados obtidos, em suma, mostram-se encorajadores, com o
 surgimento de novos questionamentos a serem abordados futuramente.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia da Computa??o},
 	note = {Faculdade de Inform?tica}
}