@MASTERSTHESIS{ 2017:1774334666,
 	title = {Predi??o da estrutura 3D de prote?nas mimetizando o ambiente riboss?mico},
 	year = {2017},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7394",
 	abstract = "A predi??o de estrutura 3D de prote?nas partindo apenas da sequ?ncia de amino?cidos ainda
 ? um grande desafio em bioinform?tica estrutural. Apesar da dificuldade, a predi??o precisa
 de ser acurada e r?pida. Nesta disserta??o, prop?e-se e mesuram-se os efeitos da co-tradu??o
 e o uso de um modelo ideal de canal ribossomal na predi??o da estrutura 3D de prote?nas,
 fazendo uso de din?mica molecular cl?ssica e din?mica molecular com intercambio de
 r?plicas. O modelo do canal ribosomal constru?do foi testado com diferentes velocidades de
 tradu??o, e os resultados foram comparados com simula??es padr?o. Foram testadas
 diferentes velocidades de tradu??o para verificar sua influ?ncia nas predi??es, e as
 velocidades que apresentaram os melhores resultados ficaram na faixa de 80 at? 200 ps. A
 qualidade dos modelos preditos foram boas, apresentando valores de GDT-TS de 1,0, assim
 como 0,3 ? para RMSD para simula??es de apenas 50 ns. No geral, demostra-se que o uso
 desta abordagem na predi??o da estrutura de prote?nas, produz satisfatoriamente estruturas
 nativas ou perto da nativa em tr?s de quatro prote?nas testadas, atingindo assim a acur?cia e
 velocidade esperadas. Como conclus?o, o uso da co-tradu??o com um modelo do canal
 ribosomal ? uma abordagem promissora para a predi??o de estruturas de mini prote?nas perto
 da estrutura nativa. Melhoras na metodologia e no modelo permitir?o uma predi??o de
 estruturas 3D de prote?nas maiores de interesse biol?gico e biom?dico.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Biologia Celular e Molecular},
 	note = {Faculdade de Bioci?ncias}
}