@MASTERSTHESIS{ 2016:1650702236, title = {Estudo computacional da intera??o de inibidores com quinases dependentes de ciclina}, year = {2016}, url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7146", abstract = "Quinases dependentes de ciclina (CDKs) s?o sistemas biol?gicos de interesse para o desenvolvimento de protocolos de docking e fun??es escore, devido ? abund?ncia de estruturas cristalogr?ficas complexadas para as quais h? disponibilidade de dados de afinidade de liga??o. Neste trabalho relatamos a aplica??o de uma abordagem computacional integrada para realizar o docking molecular em um conjunto de dados composto por 176 estruturas cristalogr?ficas de CDK em complexo com inibidores. De nosso conhecimento, este ? o maior conjunto de dados de estruturas cristalogr?ficas de CDKs utilizado para simula??o de docking molecular. Nossos resultados indicam que a estrat?gia proposta para docking de CDKs gera poses com desvio m?dio quadr?tico abaixo de 2,0 ? para a maioria das estruturas do conjunto de dados. Al?m disso, descrevemos o desenvolvimento das fun??es escore adaptados ?s CDKs. A an?lise estat?stica dos resultados de pr?-docking e re-docking, empregando as fun??es escore propostas para CDKs, indica que estas fun??es s?o capazes de prever afinidade com o melhor desempenho quando comparado com as fun??es previamente relatadas para CDKs.", publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul}, scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Biologia Celular e Molecular}, note = {Faculdade de Bioci?ncias} }