@MASTERSTHESIS{ 2007:595294463,
 	title = {An?lise por simula??es pela din?mica molecular do complexo prote?na-DNA do dom?nio ETS da prote?na PDEF : fatores intr?nsecos ao DNA},
 	year = {2007},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5524",
 	abstract = "A forma?ao dos complexos protefna DNA depende da complementaridade de cargas entre as cadelas laterals dos amino?cidos que comp?ern a protelna e os nudeotIdeos que compOern a cadeia de DNA (reconhecimento direto) e do reconhecirnento da estrutura, da conforma?ao tridimensional, adotada ou capaz de ser adotada pela cadeia de DNA (reconhecimento indireto). A prote?na PDEF est? relacionada com o controle da transcri??o de genes respons?veis pelo desenvolvimento de tumores em tecidos sujeitos ? regula??o por horm?nios sexuais; principalmente c?ncer de mama e de pr?stata. Assim como as demais prote?nas da fam?lia ETS de fatores de transcri??o, a PDEF reconhece e se liga ? cadeia de DNA atrav?s do dom?nio ETS, que caracteriza esta fam?lia. As prote?nas ETS apresentam maior depend?ncia dos fatores de reconhecimento indiretos na forma??o dos complexos prote?na - DNA. Ou seja, a conforma??o adotada pela cadeia de DNA tem maior influ?ncia sobre a afinidade de liga??o da prote?na do que a pr?pria seq??ncia de nucleot?deos. Ao contr?rio das demais prote?nas ETS, que reconhecem com alta afinidade a seq??ncia 5 -GGAA-3, e apresentam baixa ou nenhuma afinidade pela seq??ncia 5 -GGAT-3, a prote?na PDEF apresenta alta afinidade de liga??o pela seq??ncia 5 -GGAT-3 e n?o forma complexos com cadeias de DNA que contenham o s?tio de liga??o 5 -GGAA-3. A PDEF apresenta ainda substitui??es ?nicas de amino?cidos na h?lice de reconhecimento da cadeia de DNA.Para avaliar os efeitos destas substitui??es de amino?cidos e das substitui??es de pares de base no s?tio de liga??o da prote?na na conforma??o tridimensional da cadeia de DNA, e consequentemente, na afinidade de liga??o entre prote?na e DNA, foram realizadas an?lises das seq??ncias de amino?cidos das prote?nas ETS e das intera??es observadas experimentalmente na interface prote?na-DNA e simula??es pela din?mica molecular dos tridec?meros de DNA que cont?m as seq??ncias de alta e de baixa afinidade pela prote?na PDEF (GGAT e GGAG, respectivamente) e do sistema controle sem afinidade de liga??o, GGAA. Os resultados das an?lises e das simula??es pela din?mica molecular indicam que as altera??es na seq??ncia de amino?cidos da prote?na, e a substitui??o dos grupamentos expostos no sulco maior da cadeia de DNA (padr?o de reconhecimento direto, ou intermolecular), aliados a altera??es na conforma??o da cadeia de DNA induzidas pelas substitui??es das bases na posi??o +4 do sitio de liga??o (padr?o de reconhecimento indireto ou intramolecular) parecem ser respons?veis pelo padr?o de afinidade distinto da PDEF. No entanto, a n?o conserva??o dos res?duos que interagem com a cadeia de DNA, e a grande n?mero de contatos n?o espec?ficos com a cadeia fosfato-a??car corroboram o padr?o de leitura intramolecular como o principal mecanismo de reconhecimento da cadeia de DNA pelas prote?nas ETS.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Biologia Celular e Molecular},
 	note = {Faculdade de Bioci?ncias}
}