@MASTERSTHESIS{ 2013:532352305,
 	title = {Pro-smart : predi??o de estruturas terci?rias de prote?nas utilizando sistemas multiagente},
 	year = {2013},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5236",
 	abstract = "Atualmente existem aproximadamente 16 milh?es de sequ?ncias ?nicas de prote?nas (n?o redundantes) no GenBank. Entretanto, no PDB, podemos encontrar apenas cerca de 85.000 estruturas tridimensionais (3D) de prote?nas das quais apenas 1.393 possuem dobramento SCOP diferentes. Existe ent?o uma grande lacuna entre nossas atuais habilidades no que se trata de gerar sequ?ncias de prote?nas e nossas habilidades em resolver estruturas 3D de prote?nas com novos dobramentos. Essa lacuna vem sendo reduzida com a ajuda da bioinform?tica estrutural por meio do endere?amento do problema de como uma prote?na alcan?a sua estrutura 3D partindo-se apenas de sua sequencia de amino?cidos. Esse ? conhecido como o Problema PSP, do ingl?s Protein Structure Prediction Problem. Considera??es termodin?micas apresentadas por Christian Anfinsen e colaboradores em 1973 deram inicio a uma forma de abordar o problema que hoje ? conhecida como a hip?tese de Anfinsen, a qual afirma que a estrutura nativa de uma prote?na ? aquela que minimiza sua energia global livre. Podemos ent?o, tratar o problema PSP como um problema de minimiza??o, tendo em mente ser um problema de complexidade NP-Completo. Neste s?o utilizados conceitos adventos da intelig?ncia artificial at? hoje n?o muito explorados na bioinform?tica. Mais especificamente, propomos um arcabou?o baseado em uma abordagem ab initio, envolvendo um sistema multi-agente hierarquicamente cooperativo e guiado por um esquema baseado no m?todo de Monte Carlo e de Arrefecimento Simulado, a fim de obter-se a otimiza??o de uma fun??o de energia. O sistema multi-agente tem como entrada apenas a sequencia de amino?cidos das prote?nas. Cada amino?cido ? representado por dois agentes: O agente C-Alfa (correspondendo o ?tomo C alfa) e um agente C-Beta (correspondendo ao centroide da cadeia lateral do amino?cido). Esses agentes amino?cidos interagem entre si. Existem dois outros tipos de agentes: um coordena os agentes Amino?cidos (C-Alfa e CBeta) e outro coordena o sistema por inteiro. O sistema multi-agente foi criado utilizando a plataforma NetLogo. Um protocolo de clusteriza??o foi desenvolvido para a obten??o da estrutura modelo de cada simula??o e os resultados foram comparados com a literatura no que se trata de PSP e multi-agentes e se mostraram promissores.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia da Computa??o},
 	note = {Faculdade de Inform?ca}
}