@MASTERSTHESIS{ 2012:1710611847,
 	title = {Otimizações qualitativas e quantitativas nas fases de leitura e análise em pipelines metagenômicos},
 	year = {2012},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5196",
 	abstract = "As tecnologias de sequenciamento metagenômico tem avançado rapidamente e a quantidade de dados gerados a partir do sequenciamento em larga escala tem aumentado substancialmente ao longo dos anos. As presentes otimizações e avaliações de desempenho tem foco em algumas das etapas mais críticas e que consomem mais tempo em uma análise metagenômica: pré-processamento, classificação taxonômica e pós - processamento dos resultados de classificação. Otimizações e funções foram implementadas e introduzidas em uma nova arquitetura, PANGEA+, baseada no pipeline metagenômico PANGEA. Os principais melhoramentos alcançados com a presente ferramenta foram: suporte a vários formatos de arquivos de entrada e a base de dados taxonômicos do NCBI, novos métodos de classificação de espécies incluídos, análise consenso, implementação de memória distribuída para a fase de classificação de espécies, otimizações de baixa complexidade para o pós-processamento dos resultados de classificação. A avaliação da nova arquitetura, PANGEA+, demonstra melhoramentos consideráveis em várias funcionalidades e, principalmente, na etapa de classificação de espécies, tanto em exatidão quanto em desempenho computacional.",
 	publisher = {Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação},
 	note = {Faculdade de Informáca}
}