@MASTERSTHESIS{ 2012:261483343,
 	title = {Otimiza??es qualitativas e quantitativas nas fases de leitura e an?lise em pipelines metagen?micos},
 	year = {2012},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5196",
 	abstract = "As tecnologias de sequenciamento metagen?mico tem avan?ado rapidamente e a quantidade de dados gerados a partir do sequenciamento em larga escala tem aumentado substancialmente ao longo dos anos. As presentes otimiza??es e avalia??es de desempenho tem foco em algumas das etapas mais cr?ticas e que consomem mais tempo em uma an?lise metagen?mica: pr?-processamento, classifica??o taxon?mica e p?s - processamento dos resultados de classifica??o. Otimiza??es e fun??es foram implementadas e introduzidas em uma nova arquitetura, PANGEA+, baseada no pipeline metagen?mico PANGEA. Os principais melhoramentos alcan?ados com a presente ferramenta foram: suporte a v?rios formatos de arquivos de entrada e a base de dados taxon?micos do NCBI, novos m?todos de classifica??o de esp?cies inclu?dos, an?lise consenso, implementa??o de mem?ria distribu?da para a fase de classifica??o de esp?cies, otimiza??es de baixa complexidade para o p?s-processamento dos resultados de classifica??o. A avalia??o da nova arquitetura, PANGEA+, demonstra melhoramentos consider?veis em v?rias funcionalidades e, principalmente, na etapa de classifica??o de esp?cies, tanto em exatid?o quanto em desempenho computacional.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia da Computa??o},
 	note = {Faculdade de Inform?ca}
}