@MASTERSTHESIS{ 2012:1885205428,
 	title = {Um estudo sobre a predi??o da estrutura 3D aproximada de prote?nas utilizando o m?todo CReF com refinamento},
 	year = {2012},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5168",
 	abstract = "Um dos principais desafios da Bioinform?tica Estrutural ? entender como a informa??o decodificada em uma sequ?ncia linear de amino?cidos, ou estrutura prim?ria de uma prote?na, possibilita a forma??o de sua estrutura tridimensional. Muitos algoritmos buscam propor solu??es para o problema complexo da classe NP-completo. Dentre eles, est? o m?todo CReF (Central Residue Fragment-based method) que realiza a predi??o da estrutura 3D aproximada de prote?nas ou polipept?dios. O m?todo usa t?cnicas de minera??o de dados para agrupar dados de estruturas, apresentando boa predi??o de estruturas secund?rias, bom desempenho em m?quina de baixo custo, mas enfrenta problemas na predi??o das regi?es de voltas e al?as e na usabilidade. Valorizando as caracter?sticas diferenciadas do m?todo e buscando sua evolu??o, este trabalho prop?s-se a realizar melhorias no CReF. Ap?s uma etapa inicial de entendimento e adapta??es para tornar a ferramenta execut?vel na situa??o atual dos bancos de dados e ferramentas de apoio, foram identificadas duas categorias de melhorias. As melhorias t?cnicas tiveram por objetivo automatizar a ferramenta, adapt?-la ao ambiente e ao usu?rio enfatizando usabilidade. Para melhorias no m?todo realizaram-se testes com varia??o na quantidade de grupos identificados na etapa de minera??o de dados com o algoritmo Expectation Maximization (EM) no Weka. Os testes indicaram que as melhores conforma??es iniciais eram obtidas com quatro e seis grupos, assim, optou-se por permitir ao usu?rio a escolha dos grupos a considerar. Um novo mapeamento do mapa de Ramachandran indicou ajustes que foram corrigidos e decidiu-se descartar grupos identificados nas regi?es n?o permitidas na an?lise do resultado da minera??o de dados. A nova vers?o do CReF, gerada pela implementa??o dessas melhorias, tamb?m padronizou o m?todo de predi??o de estrutura secund?ria, passando a utilizar o m?todo Porter. Como consequ?ncia, as regras para escolha do grupo resultante da minera??o a representar cada amino?cido foram adaptadas e ampliadas para atender novas situa??es. A nova vers?o manteve o desempenho de predi??o e execu??o iniciais do CReF, entretanto, manteve o problema das voltas e al?as. Este problema de otimiza??o das regi?es de voltas e al?as foi endere?ado por meio do desenho e aplica??o de um protocolo de refinamento, baseado em simula??es pelo m?todo da din?mica molecular, o qual apresentou um resultado expressivo para a prote?na alvo de c?digo PDB 1ZDD.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia da Computa??o},
 	note = {Faculdade de Inform?ca}
}