@MASTERSTHESIS{ 2010:978631673,
 	title = {PMEMD-HW : simula??o por din?mica molecular usando hardware reconfigur?vel},
 	year = {2010},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5107",
 	abstract = "Sistemas de din?mica molecular s?o definidos pela posi??o e energia das part?culas que o comp?e, assim como pelas intera??es entre estas. Tais sistemas podem ser simu-lados atrav?s de m?todos matem?ticos como o c?lculo de for?as eletrost?ticas baseadas na Lei de Coulomb. Computar os estados atrav?s dos quais um sistema destes evolui, avaliando a intera??o de cada part?cula, ? tarefa computacionalmente dispendiosa, mes-mo para um n?mero pequeno de part?culas. Portanto, podem-se obter benef?cios ao se aplicar t?cnicas espec?ficas para acelerar tais computa??es. Enquanto alguns estudos prop?em o uso de algoritmos diferenciados, existem os que empregam processadores especiais ou hardware personalizado, a t?cnica abordada nesta Disserta??o. Descreve-se aqui o projeto e a prototipa??o de uma arquitetura de hardware com potencial para acelerar uma aplica??o que computa for?as eletrost?ticas entre part?culas n?o ligadas. D?-se ?nfase especificamente aos aspectos da integra??o entre o hardware e a aplica??o-alvo empregada neste projeto, o programa PMEMD (Particle Mesh Ewald Molecular Dynamics), parte da plataforma AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement). Os c?lculos mais onerosos deste programa foram identificados e movidos para uma implementa??o de hardware em FPGA, criando um co-processador espec?fico  o PMEMD-HW. A escolha de um hardware reconfigur?vel se deve, entre outros motivos, ? facilidade de fazer evoluir o processo de projeto e obter a acelera??o almejada. A principal contribui??o deste trabalho ? o dom?nio da tecnologia de uso de co-processadores de hardware para acelerar aplica??es nas ?reas de Biologia e Biof?sica. Um prot?tipo funcional est? dispon?vel, utilizando uma plataforma comercial de prototipa-??o de hardware. Esta prova de conceito demonstra a viabilidade de usar com sucesso as t?cnicas desenvolvidas.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia da Computa??o},
 	note = {Faculdade de Inform?ca}
}