@MASTERSTHESIS{ 2014:976154823,
 	title = {Caracteriza??o do genoma mitocondrial de on?a-pintada (Panthera onca) e elucida??o da filogenia mitogen?mica do g?nero Panthera},
 	year = {2014},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/278",
 	abstract = "Genomas mitocondriais (mitogenomas) geralmente s?o obtidos atrav?s do sequenciamento de DNA realizado com uma s?rie de primers conservados desenhados de maneira a se sobreporem, completando assim todo o DNA mitocondrial. Esta estrat?gia ? bastante eficaz para alguns organismos. Entretanto, a transloca??o de segmentos do DNA mitocondrial citoplasm?tico (cymtDNA) para o genoma nuclear (numt) ? um fen?meno conhecido para muitos t?xons, incluindo os felinos pertencentes ao g?nero Panthera. Algumas estrat?gias foram desenvolvidas para evitar a amplifica??o indesejada do numt, como por exemplo o isolamento de DNA mitocondrial seguido de PCR ou de PCR longo. Recentemente, as t?cnicas de sequenciamento de alto desempenho v?m sendo amplamente utilizadas. Dentre estas, o sequenciamento de RNA (RNA-seq) parece ser extremamente ?til para gerar mitogenomas e evitar numts, uma vez que captura com alta cobertura apenas DNA mitocondrial transcrito, evitando as c?pias nucleares pseudogenizadas. Quando este estudo foi iniciado, genomas mitocondriais de todas as esp?cies do g?nero Panthera exceto P. onca estavam dispon?veis em bases de dados como o GenBank. Tendo em vista a import?ncia deste marcador molecular para estudos populacionais de on?a-pintada (Panthera onca) e para estudos filogen?ticos entre as esp?cies do g?nero Panthera, os objetivos deste trabalho foram (i) caracterizar o mitogenoma de Panthera onca de forma a eliminar a possibilidade de amplifica??o err?nea de numt e (ii) realizar a primeira an?lise mitogen?mica do g?nero Panthera. O genoma mitocondrial da on?a-pintada foi caracterizado utilizando dados de RNA-seq. Os transcritos cobriram cerca de 95% do mitogenoma, sendo os demais segmentos cobertos por sequenciamento de DNA baseado em PCR, atrav?s da utiliza??o de primers espec?ficos desenhados para esta finalidade. Todos os quatro tipos principais de an?lises filogen?ticas do mitogenoma (Maximum Likelihood, M?xima Parcim?nia, Neighbor- Joining e Infer?ncia Bayesiana) suportaram uma topologia congruente (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). Esta topologia ? in?dita para o g?nero, por?m os resultados indicam ser esta a verdadeira hist?ria evolutiva do DNA mitocondrial dentro deste grupo. Neste trabalho, demonstrou-se que atrav?s de RNA-seq ? poss?vel obter-se praticamente todo o genoma mitocondrial de um indiv?duo. Al?m disso, esta abordagem parece ser bastante promissora especialmente em casos onde grandes e recentes numts ocorrem, como ? o caso das esp?cies pertencentes ao g?nero Panthera.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Zoologia},
 	note = {Faculdade de Bioci?ncias}
}