@MASTERSTHESIS{ 2022:993282076,
 	title = {Desenvolvimento de plataforma para produ??o de vacina baseada em BCG recombinante (rBCG) para a preven??o de infec??es por SARS-CoV-2},
 	year = {2022},
 	url = "https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10538",
 	abstract = "A melhoria cont?nua no processo de desenvolvimento de vacinas ? um passo extremamente importante para mitigar os efeitos da doen?a COVID-19, infec??o causada pelo SARS-CoV-2 e suas variantes, em diversas regi?es do mundo. A Mycobacterium bovis BCG recombinante (rBCG) ? promissora para um protocolo de vacina??o prime-boost heter?loga para infec??es virais. Consequentemente, a combina??o de estrat?gias de imunoinform?tica e redes neurais permite avaliar potenciais candidatos a vacinas com um m?todo econ?mico e conveniente, uma vez que as previs?es in silico podem reduzir o n?mero de experimentos de laborat?rio necess?rios para sua valida??o. Neste estudo, identificamos as regi?es mais conservadas para 10 prote?nas diferentes do SARS-CoV-2, e usando uma abordagem de deep learning (aprendizagem profunda) in silico, identificamos subunidades de vacina antig?nicas contendo ep?topos lineares de c?lulas B, ep?topos de linf?citos T citot?xicos (CTL) e ep?topos de linf?citos T auxiliares ep?topos (HTL) e desenvolvemos um plasm?deo para um vetor bacteriano vivo para uma vacina recombinante. O candidato final foi constru?do com 12 subunidades de vacina unidas por ligantes AAY e GPGPG, e cont?m 13 ep?topos de c?lulas B lineares, 10 ep?topos de c?lulas B conformacionais, 76 ep?topos de CTL e 39 ep?topos de HTL. A cobertura populacional para os ep?topos CTL e HTL combinados foi estimada em 98,49%. Testes in silico foram realizados para validar a qualidade da vacina, mostrando que a prote?na recombinante multiepit?pica ? antig?nica, n?o alerg?nica e com propriedades f?sico-qu?micas adequadas. As estruturas secund?ria e terci?ria (3D) da vacina final tamb?m foram previstas, e sua intera??o com os receptores imunes (TLR3 e TLR4) avaliada por docagem molecular. Al?m disso, os resultados da simula??o imunol?gica indicam que a vacina pode elicitar forte imunidade celular e humoral contra o v?rus. Por fim, a otimiza??o de c?dons foi realizada com o prop?sito de se obter maior efici?ncia de express?o g?nica e, com isso, de produ??o da vacina recombinante. A vacina rCPBMFMEV requer valida??o experimental e cl?nica, mas mostra indicadores promissores de que pode combater a infec??o viral SARS-CoV-2.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Biologia Celular e Molecular},
 	note = {Escola de Ci?ncias Sa?de e da Vida}
}