@MASTERSTHESIS{ 2021:83881363,
 	title = {Predi??o da estrutura tridimensional de prote?nas utilizando o m?todo CReF com informa??es de contato},
 	year = {2021},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/9787",
 	abstract = "O modo como uma prote?na se enovela ? um problema de r?pida solu??o na natureza. Entretanto, mapear todas as possibilidades conformacionais que uma sequ?ncia de res?duos de amino?cidos pode assumir n?o ? uma tarefa trivial. Desta maneira, o problema da predi??o de estrutura apresenta diferentes m?todos computacionais e solu??es aproximadas. Entre esses, o CReF (Central Residue Fragment-based method). Nos ?ltimos anos, abordagens que utilizam informa??es de contato entre res?duos apresentaram resultados promissores para a predi??o da estrutura 3D. Assim, nesta disserta??o, a incorpora??o das informa??es de contato ao m?todo CReF foi realizada. Para tanto, altera??es funcionais e metodol?gicas foram necess?rias. Adicionalmente, quest?es relacionadas ? avalia??o e a amostragem das conforma??es foram cruciais para que as informa??es de contatos pudessem ser utilizadas. Para o primeiro, um modelo de RMSDpredito baseado em um potencial at?mico dependente de dist?ncia, contatos de curto, m?dio e longo alcance foi desenvolvido. Para o segundo, um m?dulo de simula??o molecular baseado em simulated annealing foi acoplado. Ademais, uma fun??o baseada nos mesmos termos do modelo de predi??o de RMSD foi proposta com o objetivo de mimetizar uma fun??o de energia. Um conjunto de prote?nas foi avaliado, o qual mostrou que ao se ter as informa??es de contato, ? poss?vel chegar em conforma??es de baixa energia e baixo RMSD. Assim, apresentamos uma nova vers?o para o m?todo CReF com informa??es de contato, uma fun??o para calcular a energia do sistema e um m?todo de simula??o molecular.",
 	publisher = {Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia da Computa??o},
 	note = {Escola Polit?cnica}
}