@MASTERSTHESIS{ 2021:539587788,
 	title = {Estudo in silico, por dinâmica molecular clássica, da estrutura terciária da enzima MtInhA (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis sob restrições da estrutura quaternária},
 	year = {2021},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/9748",
 	abstract = "Flexibilidade e função são propriedades relacionadas no estudo da dinâmica proteica. A flexibilidade reflete no potencial conformacional das proteínas e, deste modo, nas suas funcionalidades. A presença de interações entre complexos proteína-ligante e proteína-proteína, de substratos e alterações ambientais, podem alterar a plasticidade proteica, atuando desde o rearranjo das cadeias laterais de aminoácidos até o desdobramento/dobramento de grandes motivos estruturais. Com o intuito de avaliar os efeitos da flexibilidade em sistemas proteicos, definimos como alvo do nosso trabalho a enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase de Mycobacterium tuberculosis (Mtb), ou MtInhA, a qual apresenta-se como um homotetrâmero em solução. Apesar de a sua estrutura quaternária ser a forma biologicamente ativa, estudos computacionais simulam a MtInhA como um monômero, justificando a independência dos sítios ativos devido às suas distâncias, assim como, o custo computacional. Entretanto, já foram descritas diferenças na flexibilidade entre as formas tetramérica e monomérica, as quais impactam no tamanho da cavidade de ligação da enzima. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi construir um modelo de simulação monomérico da MtInhA que apresente as características conformacionais da estrutura quaternária da enzima. Para espelhar a influência das subunidades e obter comportamento similar à proteína na forma nativa, aplicamos diferentes constantes de força na estrutura monomérica, para restringir movimento dos resíduos que compõem a cavidade de ligação do substrato. A partir da comparação entre os sitemas monomérico com restrições, tetramérico e monomérico sem restrições, observamos que as simulações com constantes de força aplicadas apresentam um comportamento similar à proteína nativa. Não obstante, essas semelhanças são mais proeminentes nas alças A e B, as quais são regiões importantes para a modulação da flexibilidade do sítio ativo. Portanto, a partir destes resultados apresentamos um modelo de simulação monomérico da MtInhA, que possui características conformacionais da estrutura biologicamente ativa. Assim, os dados obtidos neste trabalho poderão ser aplicados para a geração de modelos flexíveis mais confiáveis para docagem molecular, e também para a realização de simulações por dinâmica molecular mais longas e com um menor custo computacional.",
 	publisher = {Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular},
 	note = {Escola de Ciências}
}