@MASTERSTHESIS{ 2017:891102464,
 	title = {Predição da estrutura 3D de proteínas mimetizando o ambiente ribossômico},
 	year = {2017},
 	url = "http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7394",
 	abstract = "A predição de estrutura 3D de proteínas partindo apenas da sequência de aminoácidos ainda
 é um grande desafio em bioinformática estrutural. Apesar da dificuldade, a predição precisa
 de ser acurada e rápida. Nesta dissertação, propõe-se e mesuram-se os efeitos da co-tradução
 e o uso de um modelo ideal de canal ribossomal na predição da estrutura 3D de proteínas,
 fazendo uso de dinâmica molecular clássica e dinâmica molecular com intercambio de
 réplicas. O modelo do canal ribosomal construído foi testado com diferentes velocidades de
 tradução, e os resultados foram comparados com simulações padrão. Foram testadas
 diferentes velocidades de tradução para verificar sua influência nas predições, e as
 velocidades que apresentaram os melhores resultados ficaram na faixa de 80 até 200 ps. A
 qualidade dos modelos preditos foram boas, apresentando valores de GDT-TS de 1,0, assim
 como 0,3 Å para RMSD para simulações de apenas 50 ns. No geral, demostra-se que o uso
 desta abordagem na predição da estrutura de proteínas, produz satisfatoriamente estruturas
 nativas ou perto da nativa em três de quatro proteínas testadas, atingindo assim a acurácia e
 velocidade esperadas. Como conclusão, o uso da co-tradução com um modelo do canal
 ribosomal é uma abordagem promissora para a predição de estruturas de mini proteínas perto
 da estrutura nativa. Melhoras na metodologia e no modelo permitirão uma predição de
 estruturas 3D de proteínas maiores de interesse biológico e biomédico.",
 	publisher = {Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul},
 	scholl = {Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular},
 	note = {Faculdade de Biociências}
}