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Please use this identifier to cite or link to this item: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7106
Document type: Dissertação
Title: Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)
Author: Dall'Agnol, Bruno
Advisor: Ferreira, Carlos Alexandre Sanchez
First advisor-co: Reck Junior, José
Abstract (native): Anaplasma marginale é um patógeno transmitido por vetores que causa uma doença conhecida como anaplasmose. Até o momento, não há genomas sequenciados de cepas brasileiras disponíveis. O objetivo deste trabalho foi comparar genomas completos de cepas brasileiras de A. marginale (Palmeira e Jaboticabal) com genomas de cepas de outras regiões (cepas norte-americanas e australianas). O sequenciamento do genoma foi realizado por sequenciamento de alto rendimento. As reads foram mapeadas utilizando o genoma da cepa Florida de A. marginale como uma sequência de referência. A identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e inserções/deleções (INDELs) foi realizada. Os dados mostraram diferenças significativas entre as duas cepas brasileiras, e sua comparação com as cepas norte-americanas (Flórida e St. Maries) revelou mais diferenças de nucleotídeos do que com as cepas australianas (Gypsy Plains e Dawn). Esses resultados lançam luz sobre a história evolutiva de A. marginale e fornecem a primeira informação genômica de isolados da América do Sul. Avaliar sequências dos genomas de cepas de diferentes regiões é essencial para aumentar o conhecimento do pangenoma desta rickettsia.
Abstract (english): Anaplasma marginale is a vector-borne pathogen that causes a disease known as anaplasmosis. To date, there are no sequenced genomes of Brazilian strains available. The aim of this work was to compare whole genomes of Brazilian strains of A. marginale (Palmeira and Jaboticabal) with genomes of strains from other regions (North-American and Australian strains). Genome sequencing was performed by next-generation sequencing. Reads were mapped using the genome of the Florida strain of A. marginale as a reference sequence. Identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (INDELs) was performed. Data showed significant differences between the two Brazilian strains, and their comparison with North-American strains (Florida and St. Maries) revealed more nucleotide differences than with Australian strains (Gypsy Plains and Dawn). These results shed light into the evolutionary history of A. marginale and provide the first genome information of South American isolates. Assessing sequences of the genomes of strains from different regions is essential to increase knowledge of the pan-genome of this rickettsia.
Keywords: GENOMA
BACTÉRIAS
BIOLOGIA CELULAR
CNPQ Knowledge Areas: CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
Language: por
Country: Brasil
Publisher: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
Institution Acronym: PUCRS
Department: Faculdade de Biociências
Program: Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular
Access type: Acesso Aberto
URI: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7106
Issue Date: 18-Mar-2015
Appears in Collections:Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular

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